Le granit qui forme les récifs de Santa Maria est la même pierre que les carriers naxiens travaillaient il y a trois mille ans, et qui repose encore inachevée sur les collines au-dessus d'Apollonas. La géologie de l'île explique son littoral.
Naxos est un bloc de marbre et de granit soulevé du fond de la mer Égée, et le long de son bord nord-ouest, ce bloc se fragmente en bas-fonds immergés. Les marins les appellent des récifs. Les géologues les appellent la continuation immergée de l'île elle-même.
Santa Maria tire son nom d'une petite chapelle blanchie à la chaux en retrait du sable. La baie se situe au nord de la marina de Naxos, après Agios Prokopios et Agia Anna, là où le rivage passe de la dune au rocher. Pendant des siècles, cette étendue a moins compté pour la baignade que pour l'abri. Le meltem, le vent sec du nord qui domine les Cyclades entre juin et septembre, force le trafic à se réfugier sous le vent des caps. Les cartes de l'époque vénitienne marquaient ces eaux avec soin. La dynastie Sanudo, qui a gouverné Naxos en tant que Duché de l'Archipel à partir de 1207, dépendait de tels mouillages pour maintenir vingt et une îles unies avec une flotte de taille modeste.
Ce qui attire les navires ici aujourd'hui, c'est la visibilité. Les fonds marins alternent entre prairies de posidonies et granit pâle, et le contraste produit une clarté de l'eau qui dépasse régulièrement quinze mètres. La Posidonia oceanica est une plante marine protégée, à croissance lente et riche en oxygène, et ses herbiers abritent des daurades, des poulpes et parfois des mérous bruns. Un itinéraire d'excursion en bateau à Santa Maria, Naxos, traverse généralement ces hauts-fonds avant de tourner vers le sud ou l'est en direction des Petites Cyclades.
Cet archipel plus large constitue la seconde partie de l'histoire. Iraklia, Schinoussa, Koufonisia et Keros se trouvent à une matinée de navigation. Keros a livré les figurines cycladiques conservées aujourd'hui à Athènes, délibérément brisées et déposées il y a plus de quatre mille ans. La grotte de Rina, sur Iraklia, s'enfonce profondément dans le calcaire et est accessible depuis l'eau. Les itinéraires de navigation en catamaran à Naxos et les croisières d'une journée à la grotte de Rina tirent parti de cette proximité.
Les récifs eux-mêmes restent intacts. L'entrée coûte 0 EUR — l'eau est gratuite, et l'a toujours été. Les excursions en bateau sont facturées séparément, opérées par des prestataires amarrés à la marina de Naxos. La chapelle est toujours debout. Les carrières au-dessus d'Apollonas conservent encore leurs kouros inachevés, dix mètres de marbre abandonnés en plein travail. Entre les deux, les excursions en bateau à Santa Maria, Naxos, qui partent chaque matin, longent un littoral qui a été lu, cartographié et travaillé continuellement depuis l'âge du bronze.
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